Вручную - я имел ввиду то же, что и vnesebya, т. е. с нуля.
Но и профили пользователей на компьютерах придется переносить вручную. Надо будет как-нибудь поэкспериментировать с этим.
Продукт активно развивается, вот недавно роадмап Zentyal 3 опубликовали. Там Samba 4 присутствует. И, как известно, специалисты Microsoft теперь дружат с разработчиками Samba, даже разработали и передали им определенный объем кода. Может быть, что-то изменится и в области взаимодействия с доменом Windows.