Buenas
Zentyal utiliza ambos directorios
La diferencia estriba en que el directorio /srv/www/ es para colocar los dominios que creas en el apartado servidor web.
Si pruebas a crear un dominio, tal como
www.midominio.com, verás que zentyal crea una carpeta /srv/www/www.midominio.com donde podrás alojar los ficheros que compongan la web de ese dominio.
A parte crea un fichero de configuración para apache y un directorio por si deseas añadir alguna configuración específica para ese dominio
La carpeta /var/www sirve como carpeta principal para
http://midominio.com por lo que la solución es añadir un reenvío hacia
http://www.midominio.comNo sé si he podido ayudarte
Saludos