Ну так вот именно - из версии в версию модули то убирают, то обратно добавляют, настройки ломают, а в итоге обновить систему не представляется возможным. Бэкап настроек это вообще не понятно для чего сделано, если их вкатить можно только на идентичную во всех смыслах оболочку. Если уж надо переделать или обновить то проще с нуля разворачивать и руками сидеть калдыбашить как мамонт. Интерфейс графический? Это сделано чтобы сервер дольше грузился, жрал оперативку и больше тупил, при этом машина где-нибудь торчит без монитора/клавиатуры/мыши, управляется через вебку или консоль и вот нафиг там иксы впёрли. А потом как начинаются глюки люди мучаются с установкой старых версий т.к. разработчики же продумали такой сценарий. Нет? Как удивительно, всё же для людей, коммерческий продукт, все дела.
Про VPN и объекты. Их удалить нельзя, они там непонятно зачем вообще указываются (то что на твоём скрине). На самом деле эта настройка находится в другом месте, там где происходит объявление (рекламирование) подсетей для VPN подключений ( VPN => Servers => Advertised networks ). Но не уверен что это будет работать так как ты ожидаешь, хотя и переживать по этому поводу тоже не стоит, ведь речь идёт о доступности активных сетей, не активные априори не будут доступны и так, не важно что там в объектах.
На всякий случай ещё раз хочу заметить что жизнь течёт, всё меняется. Использовать старую версию программного обеспечения для сетевой структуры не целесообразно. Появляются новые методы, шифрования, сертификаты, протоколы и прочее. Взять тот же OpenVPN - новые версии клиента ругаются на старую конфигурацию, которую генерирует третий зенчал, а старые версии не работают на новых операционных системах и это лишь самая незначительная из проблем. Если надо для сети, для VPN, для проксей, то не трать время на старый зенчал. Это такой совет.