Bueno me contesto a mi mismo por si a alguien se le ocurre algo parecido a lo que yo he hecho.
Después de darle unas cuantas vueltas más y consultando la zona de Developers, la solución que he encontrado (Aunque seguro que no es la más elegante), es la siguiente:
$ sudo vi /usr/share/ebox/stubs/webserver/vhost.mas
Y sustituimos la siguiente línea:
DocumentRoot <% $docRoot %>/<% $vHostName %>
Por esta otra:
DocumentRoot DIRECTORIO_DESEADO <% $vHostName %>
Ejemplo:
DocumentRoot /home/midirectorio/webs/ <% $vHostName %>
Y posteriormente:
$ sudo vi /usr/share/perl5/Ebox/WebServer.pm
Y sustituimos la línea:
my $dir = EBox::WebServer::PlatformPath::DocumentRoot()
Por la siguiente, indicándole el directorio que hemos definido anteriormente:
my $dir = DIRECTORIO_DESEADO
Siguiendo el ejemplo:
my $dir = "/home/midirectorio/webs"
De esta manera ya Ebox puede crear las webs en el directorio que nosotros queramos.
Para los desarrolladores del proyecto, sería una idea bastante interesante que en posteriores versiones de Ebox, esto fuera posible, porque a priori parece sencillo (visto desde fuera y desconociendo el resto del código)
Un saludo para todo el mundo y espero que le sea útil a alguien.