Эти данные хранятся в базе данных MySQL.
Удобного способа переноса мне не известно, но я бы в этой ситуации создал бы новый сервер с 3.5, развернул бы на него бэкап "боевого", удалил бы лишние модули (это важно, иначе будут проблемы), последовательно прогрейдил бы его до 4, создал бы бэкап, зачистил бы вручную от ненужного и уже его развернул бы на новый "боевой".