Если сервер в продакшене, то, вначале нужно обновлять бекапы
А по существу, разницы нет, так как всё обновляется из репозиториев и с неразрещёнными зависимостями обновления не проходят.
Первый вопрос, который нужно перед собой ставить, нужно ли это обновление?