Hola jbahillo gracias por tu respuesta.
Si yo especificaba el FQDN funcionaba el tema es que tengo implementado wpad y no tengo control de como realiza la búsqueda de configuración para el proxy.
El tema quedó solucionado, lo que hice fue configurarle la opción "Dominio de Búsqueda" en el DHCP. Esta opción es transmitida a los equipos clientes cuando se les asigna una IP, luego cuando la búsqueda en DNS de <Nombre Equipo> no arroja resultado, automáticamente se lanza una segunda búsqueda tomando <Nombre Equipo>.<Dominio> donde <Dominio> es el Dominio de Búsqueda determinado en el DHCP.