Yo tenía el mismo problema y por fin lo pude solucionar, solo hace falta desinstalar y limpiar todos los archivos del paquete "pcmanfm". Luego se instalar el paquete "lxde" para que re-instale de forma correcta todo el paquete "pcmanfm".
Por ultimo, reinicié Zentyal y ya me apareció todo el Escritorio, incluso el Gestor de archivos abre normalmente.
sudo apt-get remove pcmanfm
sudo apt-get purge pcmanfm
sudo apt-get clean pcmanfm
sudo apt-get instal lxde
sudo reboot