Ok, a ver, por partes y centrandonos en la máquina de los dos procesadores:
Dices que tienes 4Gb de ram, pero linux solo te está reconociendo 3Gb, esto será porque tienes un kernel sin soporte para más de 3Gb (necesitas PAE para poder tener mas de 3gb con 32 bits). Para ver que version del kernel tienes, puedes ejecutar "uname -a".
En cuanto a la ram, si haces calculos veras que solo tienes ocupados realmente menos de 1Gb, tienes que restar a la cantidad usada la que esta en buffers y cached, es decir, que la cantidad de memoria libre real que tienes es mas de 2Gb (sobre los 3 que te esta reconociendo en total), eso es bastante, y no hay de que preocuparse. En cuanto te reconozca los 4Gb tendrás más de 3Gb de ram libres.
Y en cuanto al tema de la CPU, tienes razón, el consumo es alto, si el mailfilter esta siendo usado intensivamente por muchos usuarios podría ser normal, pero no se si este es el caso, si no lo es, puede que hay algún problema y se esté reiniciando continuamente por un error al arrancar, para comprobar eso, haz lo siguiente:
sudo /etc/init.d/ebox mailfilter stop
sudo /usr/sbin/amavisd-new -c /etc/amavis/conf.d/amavisd.conf foreground
Esto intentará arrancar amavis (el software utilizado para filtrar correo) manualmente y podrás ver si aparece algún error que nos de pistas sobre lo que está pasando.
Un saludo!