Relier deux sites distants, c'est du domaine du VPN. Si le site est connecté directement à internet, il faut un firewall (donc SambaEdu, ça ne le fait pas).
Si le site distant a un contrôleur de domaine existant, il faut joindre ce domaine (ou pas ?)
Ajaxplorer: je ne comprends pas
c'est du PHP mais MySQL n'est utilisé, si je comprends bien, qu'en tant que backend potentiel pour l'authentification. Zentyal utilise LDAP...
Le portail captif, c'est pour contrôler l'accès internet ou l'accès au réseau local ?
C'est c'est pour internet, le proxy HTTP est beaucoup plus adapté.
Si c'est pour le réseau local, Radius est une solution (à mon avis plus souple), le portail captif signifie une interface dédiée mais ça marche aussi.