У тебя наверное Астрал-Отчет или что-то в этом роде не работает? Тоже мучился с данной проблемой. Пробовал править конфигурационный файл, добавлял строчку ignore_expect_100 on, все нормально после этого работало, но до перезагрузки. Потом все оставалось по прежнему, строчка в squid.conf пропадала. Потом на форуме вычитал, что конфиг правится из шаблона. Шаблон squid находится: /usr/share/zentyal/stubs/squid. Добавляешь в конец нужную строчку и сохраняешь изменения. Все, теперь при перезагрузке строчка никуда не пропадет.