Pour autant que je comprenne, Zarafa n'a rien à voir avec FTP, en tout cas dans l’implémentation de Zentyal.
En effet, Zentyal s'appuie sur un directory LDAP pour la gestion des comptes. Ce directory est utilisé pour les différents services, y compris Zarafa mais en terme de process, la séquence est plutôt de créer un compte (donc LDAP) et de le déclarer comme utilisateur de mail (et donc Zarafa si c'est la solution de backend mail retenue).