Eso ya lo vi, pero es para la versión 2.0, en la 3.0 es distinto. El archivo ebox-zarafa.passwd no lo tengo ya que el modulo zarafa no está instalado
EDITO: Problema resuelto. En Zentyal 3.0 hay un archivo llamado zentyal-mysql.passwd en la ruta /var/lib/zentyal/conf/, dentro de él está la contraseña ROOT de mysql, recomiendo no cambiarla, si alguien va a instalar phpmyadmin que use esa contraseña para instalarlo.