Buenos días!
No conozco vuestras necesidades exactas, pero en principio la respuesta a todas tus preguntas es "Sí".
eBox funciona como PDC para Windows, usa LDAP que se puede integrar fácilmente con otros servicios, gestiona varios dominios de correo (aunque en este momento un mismo usuario sólo puede tener cuenta en uno de los dominios, pero puede tener varios alias), y en cuanto a phpmyadmin en principio no debería haber ninguna incompatibilidad, aunque eBox actualmente no utiliza mysql para nada.
Gracias a vosotros por vuestro interés en eBox!