Primero que nada ZENTYAL esta echa sobre UBUNTU y a su vez esta sobre DEBIAN, la principal diferencia que radica entre ubuntu y debian es que ubuntu tiene repositorios oficilaes con soporte por cannonical, cosa que debian no esta bien organizado, por esto es mejor usar UBUNTU por que el repositorio de software de cada version ha sido probado en la misma para que no tenga problemas y tu sistema no se vuelva inestable
Entre las ventajas de usar Zentyal, es el pago de licencia para uso comercial, es gratis!!!!
Por un lado necesitas conocimientos avanzados, no para la configuracion, pero si para solucionar bugs
Ademas es mas estable, tienes actualizaciones gratuitas, y es 100% personalizable a tus necesidades.
Si esto no te es suficiente, hay mas.... consume menos recursos debido a que solo corren los modulos necesarios y no ocupa ram en modulos inecesarios como lo hace windows al iniciar servicios a la espera de ser utilizados, cosa que muy rara vez llegamos a utilizar ciertos servicios, y sin encambio utilizan ram y cpu, por lo que esto deja a tu servidor mas libre para procesos necesarios y que debido a esto puedes poner las versiones mas nuevas de Zentyal en maquinas con menos requerimientos a comparacion de cada version de Windows que con cada version reciente aumentan los requerimientos.
Por otro lado, como siempre tienes actualizado tu sistema estas protegido ante exploits y otras formas te ataque, y a desventaja de windows que con cada software que utilices te recomendaria que antes de instalarlo cheques posibles exploits, debido a que mucho software comercial tiene fallas que podrian comprometer tu sistema.
No cero que con esto te quede duda alguna!!!