Hola,
puedes instalar todos los modulos de eBox con
apt-get install ebox.*
Los modulos que no actives desde la interfaz no estarán en funcionamiento.
La configuración de eBox es independiente de la conifguración que tengas tu ya en tu servidor así que esta ultima sera ignorada.
En el caso de los clientes, debrias instalar el programa de VPN para que se pudieran conectar. eBox incluye la posiblidad de crear un archivo comprimido con los datos necesarios para configurar un cliente y con el instalador de un programma de VPN para Windows.
Saludos,
Javier