Al final he tenido que prescindir de ebox para esta máquina.
Afortunadamente eran sólo 4 usuarios
Por problemas de tiempos, y que este servidor es muy básico, he tenido que recurrir a ubuntu server + samba simplemente.
Explico cómo he actualizado, para ver si es un bug (o fallo puntual):
Desde ubuntu server 7.10:
sudo apt-get install update-manager-core
sudo do-release-upgrade
Con esto se actualizó ubuntu y ebox de una vez, pero con la desaparición de los usuarios al menos desde la interfaz de ebox (las carpetas de usuarios existían, pero no pude probar lo del ldap)