Buenas,
Cuando dices que el DNS sigue en el Windows 2008, ¿a qué te refieres? ¿A los roles FSMO referentes al DNS?
Lo que primero debes hacer es conocer los roles FSMO que están ejecutándose en los controladores de dominio.
Desde Zentyal puedes ver los roles FSMO que tiene con el comando:
sudo samba-tool fsmo show
Respecto a los roles FSMO referentes al DNS del dominio y DNS del bosque, probablemente no habrán sido transferidos después de usar el script de migración de Zentyal, por lo que puedes utilizar los comandos que aparecen en la documentación de Samba para transferirlos.
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https://wiki.samba.org/index.php/Transferring_and_Seizing_FSMO_RolesPodrás ver dos opciones, transfer y seize. La recomendada es transfer siempre y cuando el antiguo servidor siga conectado a la red. El uso de transfer hará saber al antiguo servidor que ya no es el encargado de esos roles. Los comandos serían los siguientes:
sudo samba-tool fsmo transfer --role=domaindns -U administrator
sudo samba-tool fsmo transfer --role=forestdns -U administrador
Para el caso de que el servidor que tenía los roles se haya averiado y nunca más pueda estar conectado se utiliza la opción seize.
Saludos