Hola Turalyon, muchísimas gracias por tu ayuda, con la información que me has dado he podido solucionar el problema.
El problema era el certificado /var/lib/zentyal/conf/ssl/ssl.pem ya que en /var/log/nginx/error.log me aparecia el error ANY PRIVATE KEY error:140B0009:SSL routines:SSL_CTX_use_PrivateKey_file:PEM lib. Parece que le faltaba una parte.
Lo que he hecho es montarme otro Zentyal nuevo en un VirtualBox y copiar el contenido de la /var/lib/zentyal/conf/ssl/ en mi Zentyal original, una vez hecho aplicar permisos a los certificados 600 y usuario root:root, arrancar el webadmin mediante systemctl start zentyal.webadmin-nginx zentyal.webadmin-uwsgi y todo ha vuelto a la normalidad.
He mirado de detallarlo un poco por si a alguien le pasa.
Muchas gracias de nuevo Turalyon, un saludo!