Encontrei o problema. Acontece que aqui para evitar que os usuários movessem os diretórios de um lado para o outro eu adicionei o atributo +i (imutable) aos diretórios compartilhados com o comando:
chattr +i /home/samba/shares/*
Acontece que quando o modulo vai iniciar ele tenta setar o chown desses diretórios, e como suas propriedades estão bloqueadas o módulo samba do Zentyal não consegue iniciar. Devido a isso não consigo fazer as edições no webadmin.
A solução foi remover esses atributos e reiniciar o módulo samba do Zentyal.
chattr -i /home/samba/shares/*
zs samba restart