Пользователи все на латинице, только стандартные юзеры на русском (Администратор, Гость и так далее). Как раз стандартных пользователей Гость и Администратор zentyal видит, как и видит список всех групп. Он не видит только пользователей.
Провел эксперимент, создал группу test добавил пользователя testuser (из пользователи домена удалил), добавил только в группу test - в zentyal группа есть, пользователя нет. В samba-tool есть и группа, и пользователь