В том и прикол со всеми этими вашими графическими интерфейсами, включая веб-морды. Они ограничены функционально и невозможно с этим ничего поделать. В итоге все приходят к консоли и как следствие правильный сервер никогда не видит графики. Расценивайте веб-морду как удобное средство по быренькому что-то там глянуть, пользователя добавить/удалить и прочее при условии что изначальная настройка сервера уже произведена.
И ещё - если вы не умеете и не используете скриптов и крон то считайте что это не сервер, а деятельность ваша любительского уровня. Невозможно чтобы боевой сервер на производстве не допиливался скриптами. А в скриптах всё те же настройки шар, пользователей, обработчики логов, рапорты, рутинные вычисления. Кто вам всё это в каком интерфесе персонально для каждого случая будет делать? Невозможно охватить необъятное и не нужно.
Шары ваши ведь работают, если через строку? Так какие вопросы?! Было бы странно если бы было наоборот, а так считаю всё корректно. Возможно ошибка в веб-морде в скрипте конфигуратора. Это уже 100 раз встречал в зенчале.