La configuración site-to-site en el caso que propones es sencilla:
En el servidor principal creas dos servidores openvpn asegurándote de que en cada uno de ellos publicas la red interna del principal y las redes internas de cada uno de los dos clientes (tendrás que crear los correspondientes objetos de red)
En cada uno de los clientes configura un cliente openvpn con el correspondiente bundle descargable proporcionado por Zentyal en los respectivos servidores openvpn. Publica en cada cliente la red interna local, la del servidor principal y la del otro cliente.
Con ésto, debería ser suficiente para tener conectividad entre las máquinas de cada una de las redes publicadas.
Cheers!