He estado hablando con mis companyeros y resulta que hay un bug en el CA: si al crear la autoridad se escribe algún dato que no sea estricto ASCII, falla y pasan errores como esto.
Por ejemplo, si en país has puesto "España" la "ñ" provocara este error.
Si este es tu caso, de momento la única solución es revocar la autoridad de certificación y crear una nueva sin estos valores en los campos