Настройки проверь! У тебя отсутствующий контроллер по прежнему значится как активный, вот они его и хотят. Советую припомнить процедуру удаления контроллера с оф.мануалов майкрософта - там сначала надо его всех прав лишить и потом перевести в состояние "постоянно недоступен", после чего можно отключать физически. В случае если активный контроллер неожиданно издох есть процедура перехвата ролей. В самбе зенчала (да что я несу - в любой самбе) можно проверить какие роли у какого контроллера командой "samba-tool fsmo show" и выглядит это как-то так:
root@dc:/# samba-tool fsmo show
ldb_wrap open of secrets.ldb
InfrastructureMasterRole owner: CN=NTDS Settings,CN=DC,CN=Servers,CN=Default-First-Site-Name,CN=Sites,CN=Configuration,DC=domain,DC=com
RidAllocationMasterRole owner: CN=NTDS Settings,CN=DC,CN=Servers,CN=Default-First-Site-Name,CN=Sites,CN=Configuration,DC=domain,DC=com
PdcEmulationMasterRole owner: CN=NTDS Settings,CN=DC,CN=Servers,CN=Default-First-Site-Name,CN=Sites,CN=Configuration,DC=domain,DC=com
DomainNamingMasterRole owner: CN=NTDS Settings,CN=DC,CN=Servers,CN=Default-First-Site-Name,CN=Sites,CN=Configuration,DC=domain,DC=com
SchemaMasterRole owner: CN=NTDS Settings,CN=DC,CN=Servers,CN=Default-First-Site-Name,CN=Sites,CN=Configuration,DC=domain,DC=com
Проверить на WinSrever кто из серверов AD какими ролями FSMO обладает:
netdom query fsmo
Если обнаружится несостыковка то надо будет сделать бэкап и роли забирать.