A mi me ocurrió algo parecido, investigando un poco encontré una "solución temporal" al problema, lo que hice fué "liberar memoria" del servidor cada hora. Eso tu lo puedes poner según tus necesidades.
ejecutas crontab: sudo crontab -e
y añades esta línea, yo lo tengo puesto para 1 hora, pero si necesitas que sea con mas frecuencia lo cambias: * 1 * * * sync && sysctl -w vm.drop_caches=3
y listo, guardas y a esperar.
En caso de necesitar que se ejecute al momento solo ejecuta los comando por separado y ya.
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