В зенчале лучше так и делать, чтобы меньше собирать багов. Хотя вроде как в новых версиях начали всё строить на чистой самбе (без синхронизации с другими костылями) и по идее должно бы стать хорошо... когда-нибудь... возможно...
Кстати, замечание по теме.
Я так понимаю пользователи перемещаются по группам в сторонней программе (не через панель зенчала - там нет такой функции). Создавать пользователей тоже теоретически можно в сторонней программе. Свойства там всякие можно менять в сторонней программе. На практике нужно понимать, что почта и прочее в зенчале связаны с механизмами самого зенчала и при создании пользователя запускается ряд дополнительных скриптов, поэтому если сторонние программы этого не учитывают то скриптов не будет, изменений в разных там системных файликах тоже не будет и работать соответственно не должно. Сторонние программы годятся разве что на изменение свойств срока жизни пароля и ещё в них можно подправить псевдоним (о чём ниже).
P.S. Конкретно с почтой у меня был другой глюк. Через админскую панель в винде можно получить доступ к псевдониму пользователя и если его поменять то почта (а иногда и учётка вцелом) резко перестают нормально работать. Раз пускает, через десять секунд выкидывает с ошибкой логина, меняешь пароль и снова пускает и сразу выкидывает. Бывает псевдонимы забиты ещё издавна на виндосерве, а сам каталог импортируется в зенчал со старого контроллера - первым делом приводим псевдонимы и никнеймы к единому виду.