El post es algo viejo, pero me pasó lo mismo, encontré la solución y un año mas tarde, tuve que hacerlo de nuevo pero no recordaba cómo. Así que lo publico acá:
Efectivamente el archivo es /etc/dovecot/dovecot.conf es modificado con los parámetros ajustados de zentyal que se alimentan del archivo /usr/share/zentyal/stubs/mail/dovecot.conf.mas en el cual el parámetro se llama de la misma manera:disable_plaintext_auth. una vez cambiamos el archivo .mas y reiniciamos el módulo, dovecot toma el parámetro deseado.
# grep -i 'disable_plaintext_auth' /usr/share/zentyal/stubs/mail/dovecot.conf.mas
disable_plaintext_auth = no
# grep -i 'disable_plaintext_auth' /etc/dovecot/dovecot.conf
disable_plaintext_auth = no
Espero sea útil para más personas.