"Загвоздка", как обычно, в странной постановке задачи.
Режим "прозрачного прокси" предусматривает перенаправление всех клиентских запросов к порту 80 (http) внешних ресурсов на порт локального прокси, соответственно, все пользователи будут работать через прокси, что не касается "не проксируемых" запросов - например, к https (порт 443). При выключении режима прозрачного прокси, все запросы будут управляться правилами фаервола, а те, у кого прописан прокси-сервер, будут обслуживаться его правилами.
Технически, можно решить поставленную Вами задачу - прописать правила перенаправления на прокси вручную, но по-моему, это излишество, и вроде бы штатными средствами zentyal не реализовано.