Na boa boy, faz isso não. Eu usava a versão 3.3 já há mais de 18 meses. Tudo era maravilha na minha rede, que tinha estações Windows XP, Windows 7, Windows 8, MAC e Linux (Ubuntu e Debian). Ao todo haviam 120 contas, 112 maquinas, dois servidores um PDC e um BDC. Resolvi fazer a atualização para a versão 3.4, depois 3.5. Me ferrei bonito, tudo perdido, pois tudo começou a dar erro. O golpe de misericórdia veio com a atualização para o 4.0, pois mesmo fazendo backup e depois fazendo restore não funcionou direito. Vários erros no domínio, estações não logam, não aparecem.
Bem feito pra mim, fui mexer no que estava quieto e bonito. Então, se for fazer, que dê mais trabalho, mas faça tudo do começo e antes faça em um ambiente de teste, nunca em um de produção.