Не удалялись и не переименовывались файлы/папки, созданные под анонимным пользователем. Вылечилось так:
/usr/share/zentyal/stubs/ftp/vsftpd.conf.mas - anon_other_write_enable=YES
Еще, может я и не правильно делаю, по умолчанию, файлы анонимного пользователя лежат в /srv/ftp. Для того, чтобы их перенести в /home, добавил в /etc/fstab
/home/ftp /srv/ftp none bind 0 0