ниче они никуда не убирали, если последние обновления стоят 3.3, скорее всего просто закрыли окно с обновлением и оно больше не открывается.
сам скрипт находится в /usr/share/zentyal/upgrade-to-3.4
делаем бэкап конфигурации перед обновлением, если что потом можно будет накатить сразу же на 3.4 и запускаем скрипт через ssh или непосредственно на серваке под root и радуемся) делал так два раза.. все получилось)