Hola llunoll.
Antes que nada asegurate que el dominio.com que agregas a la lista tenga la propiedad ALWAYS DENY cando lo agregas, y por otro lado, si no me equivoco ese blacklist solo se aplica a los objetos (Grupos de IPs / Redes) con propiedad FILTER y protocolo http(TCP80), ya que las peticiones http(TCP443) no pasan por el Squid, de ser el caso que no es una peticion por http, deberas ver de bloquearla por medio del firewall.
Por el momento eBox no tiene QoS, aunque tiene un modulo de control de velocidad que parece funcionar bastante bien, capaz eso te sirva de algo.
Para ver las actualizaciones en el entorno web de eBox, por consola, escribi:
#apt-get update
#ebox-software
Eso, deberia bastar para ver las actuliaciones en el entorno. Tambien podes optar por instalar la actualizacion de ebox desde consola:
#apt-get update
#apt-get install "ebox"
#ebox-software
Espero te ayude, saludos.
PD: el comando ebox-software sincroniza con el entorno la version instalada y el listado de actulizacines disponibles.