Olá Gilberto,
No passado eu usei isto:
Pelo Squid mesmo você consegue fazer o bloqueio, o negócio é o seguinte: o Skype tenta conectar em IPs (não em nomes de domínio como exemplo.com.br) pelas portas 443 e 80. Se você bloquear isso (e forçar todos os seus usuários a passarem pelo proxy), o Skype não conseguirá se conectar. Pra isso, as seguintes ACLs resolvem o problema:
acl skype_80 url_regex ^[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+:80
acl skype_443 url_regex ^[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+\.[0-9]+:443
http_access deny skype_80
http_access deny skype_443
Você também pode bloquear o User Agent do Skype:
acl skype_ua browser ^skype^
http_access deny skype_ua
Essas ACLs foram o suficiente para conseguir bloquear o Skype no passado... Veja se continuam funcionando... Você precisa colocar isto diretamento no /usr/share/zentyal/stubs/squid/squid.conf.mas...
Abraços,
Jorge Quintão