1 - Il faut préciser quels modules Zentyal sont utilisés. J'intuite que tu utilises le partage de fichier puisque tu évoques "computers name" mais avoir une vue d'ensemble permettrait une meilleur compréhension
2 - Faire un upgrade, surtout dans le cas de mises à jour multiples succéssives, si je comprends bien ta démarche, implique bien sûr de faire une (voire plusieurs) sauvegardes. ça n'explique pas la disparition des groupes mais ça peut éviter une catastrophe dans le futur
Il y a déjà eu des précédents...
3 - Peux-tu regarder si les groupes de l'annuaire LDAP "Zentyal" existent toujours ?