Szia!
Nem jól tudod. A Zarafa könyvtárakba menti a leveleket, gzip formátumba ment minden levelet. A default helye a /var/lib/zarafa könyvtárban van, ide készít egy több szintű könyvtárrendszert, ebbe helyezi el - szerintem random módon - a különböző leveleket.
Tehát nem úgy, mint a "mezei" IMAP teszi, mailboxonként egy-egy könyvtárral.
SQL-ben "csak" a levelek fájl nevei, indexei, egyéb paraméterei szerepelnek, elősegítve ezzel még az összetett keresés gyors elvégzését is.