Вас что-то не туда ведет. Вы определитесь, что вы хотите, ввести машину с ubuntu в домен? или завести пользователя в домене? Пользователь заводится через вебморду и логинится он сможет вне зависимости windows или ubuntu стоит на клиентской машине. Единственное условие - машина должна быть в домене. А это делается на клиенсткой машине (с помощью доменного пользователя с админскими правами). Вы же вводили windows машины в домен? Да. И делали это на клиентской машине. Так введите и ubuntu туда же. Как это сделать, указано в ссылках в первом ответе.
Если доступа физического доступа к машине нет, существует масса способов подключится к машине удаленно, ssh тот же самый.