Hola,
En primer lugar hay que dejar claro que la 1.2 ha incluido grandes cambios y se ha centrado en ser la primera versión lista para ofrecer soporte comercial a través de partners. Es por este motivo que no se han podido invertir esfuerzos en facilitar la migración desde la 1.0, pero a partir de ahora sí se facilitarán las migraciones lo máximo posible en futuras versiones.
Dicho esto, te doy algún consejo de cara a la actualización.
Sí es posible mantener la configuración de algunos servicios, pero no de todos, y tampoco hay una lista "oficial" de servicios que den problemas o de otros que no. Tendrás que probarlo por ti mismo, haciendo backup en 1.0 y restaurándolo en 1.2, y si algún módulo te da errores deberás omitirlo, pero quizá sí puedas restaurar el backup de algún módulo.
La recomendación general es que lo hagas en otra máquina, al menos la prueba inicial (puede ser en una máquina virtual), especialmente si el actual sistema lo tienes en producción. Así puedes seguir manteniendo la 1.0 funcionando hasta que estés seguro de que la 1.2 está completamente configurada.
Gracias a ti por confiar en eBox.
Un saludo!