*не являюсь опытным администратором zentyal - нашему знакомству только пара дней.
Что касается резервного копирования почтовых сообщений, то они не хранятся ни в web-интерфейсе (roundcube), ни в интерфейсе Colaboration Service (zarafa) - они хранятся "в почтовом сервере" (dovecot), а названные компоненты лишь обеспечивают визуальный доступ к ним. Соответственно и создавать резервную копию/восстанавливать надо почту и всё остальное, что планируется защищать (файлы, адресные книги, календари и пр. - по желанию).
За детальной информацией по резервированию и восстановлению данных на сервере zentyal, рекомендую обращаться к любой линукс-общественности, т.к. в документации никаких сведений о возможностях резервного копирования и восстановления информации, размещаемой на сервере zentyal обнаружить не удалось - предлагается только резервирование конфигурации сервера, но не хранимых данных.