HOla: Zentyal, como sabras reserva por defecto el puerto estandar para https (443) por lo que efectivamente deberás mover la interfaz web de zetyal a otro puerto libre. Esto lo puedes hacer desde Sistema - General.
Recuerda que Zentyal gestiona sus certificados por lo que deberas revisar como gestiona zentyal los certificados, ya que de lo contrario el modulo de servidor web utilizara el certificado generado por el modulo de CA, y no el que hayas generado tu (aunque si el tuyo es autofirmado entiendo que te podria dar igual)