Si alguien más tiene este problema, indico la solución.
Podemos configurar un Directorio Activo/Samba-Ldap con un dominio real (empresa.com) o uno ficticio (empresa.local).
Con un dominio real tenemos el problema si se tiene una Web pública, en este caso se debe añadir como host a www y su IP pública en módulo DNS.
Si el dominio es ficticio, tendremos problemas/dudas con el servicio de correo electrónico, debes configurar zentyal para que acepte los correos del dominio empresa.com y asigne a los usurios una dirección SMTP del domino empresa.Local.
Espero solucionar en parte las dudas al respecto.
Saludos.