Esse é um daemon de monitoração, nos meus servidores (quando habilito ele) nunca fica desta forma, geralmente roda em segundo plano. No caso do seu servidor como você tem acesso ao modo texto, recomendo que dê um comando:
$ sudo killall collectd
para matar o serviço e tente acessar o ebox (interface web), pois acho que é o alto processamento deste módulo que está deixando você sem estes acessos ebox e dominios (no caso o DNS visto que você falou que se for via IP vai, mais via nomes de domínio não).
Caso mesmo após matar o serviço o ebox não esteja funcionando, rode o comando:
$ sudo service apache2 restart
para reiniciar o servidor web e agora sim ter acesso ao ebox e desativar o módulo.