Эм, а это не может быть проблемой кеширования? Если не ошибаюсь в /var/spool/sqiud3 (под рутом проверить или пересоздать по новой кеш)
/var/log/squid3/access.log - второй столбец - это время отклика к хосту. Посмотри какое значение там. Проверь ДНС лист и отправь трассировки с зентиала на эти хосты, посмотри на каком хопе тупит.
Если вы хотите пустить ваших пользователей вне прокси, у вас должен быть шлюзом указан не прокси сервер, а любой иной шлюз с доступом в интернет. Если же в вашей сети только зентиал выполняет роль входных и выходных дверей для интернета, то пустить трафик помимо него, невозможно.
Можно именно создать правило на разрешение (как вы и делали как я поняла)
И проблема у вас именно в кешировании если странички тупят. (решается очисткой кеша)