Hola Achauque.
Bueno de todos formas me parece que al final si en tu red tienes PC unidas al dominio, la tienes que unir de nuevo. ahora en cuanto a las cuentas de usuario, podrías exportarlas a digamos un formato csv y con un script importarla al LDAP.
También existe SWAT, trata de documentarte sobre SWAT, en internet, yo en estos momentos estoy en este mismo punto que tu.
En cuanto confeccione bien el script te lo pongo aca.