Довольно часто проблема даже не в прокси, а в DNS. Необходимо проверить, правильно ли резолвит DNS имена хостов, желательно поставить кэширование запросов. Антивирус в настройках прокси стоит выключить, если скорость интернета и мощность железа шлюза небольшая. Последуйте совету Андрея, посмотрите top или htop на факт загрузки проца, не только самим сквидом, но и СУБД postgres, в которую постоянно пишутся логи фаервола и dansguardian