Uma solução simples é você desabilitar a inicialização do ambiente gráfico, da seguinte forma:
Edite o arquivo /etc/rc.local e comente a linha que trata a inicialização gráfica, ficando da seguinte forma:
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#!/bin/sh
#initctl emit zentyal-lxdm
exit 0
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Pronto, agora seu Zentyal iniciará sem o ambiente gráfico.