La verdad es, a mi me tiene descuadrado el tema desde que empecé con distros Linux para cortafuegos / gateway.
Explico: He probado varios distros como Zeroshell, ClearOS, Astaro y otros que no me recuerdo...
Todos tienen el mismo mal, con proxy transparente no funciona traffic shaping.
No se puede bloquear ciertas paginas, sin hacer trucos extensos con reglas el cortafuegos.
Digo, no es algo propio de Zentyal, mas bien la forma en que Linux + Squid + iptables funcionen juntos.
Ayer fui a mirar la pagina de ClearOS si de pronto habían encontrado una solución a este inconveniente, y apenas decía
"Hay progreso"...Significa que aun no hay una forma fácil de hacer lo que queremos.
Dicho eso, un servidor/gateway/proxy como lo es Zentyal requiere un poco de trabajo para configurarlo correctamente.
Para mi, como todo lo que huele a Linux, es trabajo en progreso.
Saludos.