Buenas Skylab.
Con respecto a tus preguntas:
1. El Servidor utilizado en eBox es Bind9 (
http://www.bind9.net/)
2. Si no me equivoco, el archivo al que te referis, se encuentra en /var/cache/bind, este dato puede no ser del todo exacto, deberias ver el archivo de configuracion named.conf y el archivo de ebox, named.conf.mas, pude que ahi tengas alguna referencia mas precisa.
3. En esta pregunta no estoy del todo seguro, pero seria asi, el servidor DNS, pregunta los hosts que no tiene cacheados a los servidores autoritativos, asique en tu archivo resolv.conf pondria solo "nameserver 127.0.0.1". Al tener otros servidores DNS puede ser que este consultando a otro servidor y por eso tarde nuevamente en responder el dig, o algo por el estilo.
Espero te sirva lo que te comento. Saludos.