Cara acho que sei como pode ser feito.
Acesso o Zentyal via SSH e acesse a maquina como root, após isso digite no terminal:
# crontab -e
Com isso irá abrir um arquivo de texto com o seu editor padrão (recomendo o nano), depois de aberto com o editor cole a seguinte linha no fim do arquivo:
0 2 * * 1 cp -Rp /backup/ /media/externo
Onde /media/externo é o local onde está montado seu HD externo. Com esse comando todo dia 2h da madrugada ele fará o backup de todo o conteudo do diretório /backup para o HD externo.
Espero ter ajudado. =)