Olá Alex,
Sinceramente, recomendaria que você atualizasse as 2 máquinas... O ideal é trabalhar sempre com a última versão estável, no caso Zentyal 2.2, pois existem centenas de correções que foram feitas em cima do Zentyal 2.0 e talvez milhares feitas em cima do eBox...
O conceito de VPN é super tranquilo... Ela vai interligar as 2 LAN's... Para isto, é importante que a LAN do RIO e de SP estejam em faixas de rede diferentes... A faixa 192.168.160.0/24 (que pode ser alterada) é usada apenas para fechar o túnel... O roteamento será feito em cima dos IP's das LAN's, que como disse acima, precisam ser de faixas diferentes...
Abraços,
Jorge Quintão